De synodevergadering is in principe het hoogste beleidsorgaan in de kerk. Ze is georganiseerd op nationaal niveau en bespreekt alle zaken die niet plaatselijk of in districtsverband kunnen worden behandeld. Aan het hoofd van de synodevergadering (een 80tal personen) staat een bureau: het moderamen. Ieder district is op het niveau van de synode vertegenwoordigd door een aantal afgevaardigden. In principe is er één afgevaardigde per twee gemeenten. Ook de aalmoezeniersdiensten en sommige andere diensten zijn op de synode aanwezig. De synode neemt met meerderheid van stemmen beslissingen die de kerk nationaal binden. Ze is als kerkelijk wetgevend orgaan ook de enige instantie (vergelijkbaar met een nationaal parlement), die de constitutie en kerkorde kan wijzigen.
Franstalige versie: protestanet.be