De synodale raad is als uitvoerende macht verantwoordelijk voor het dagelijks beleid van de Kerk tussen twee synodevergaderingen in. Aan het hoofd staat de voorzitter van de synodale raad, die hiervoor voltijds is vrijgesteld. De voorzitter van de synodale raad is een actief tweetalige predikant met minstens 10 jaar beroepservaring in een plaatselijke gemeente. De voorzitter wordt bijgestaan door twee vice-voorzitters, gekozen door de synode: één Nederlandstalige en één Franstalige. Ze worden zoals alle andere leden om de vier jaar verkozen door de synodevergadering. Ieder district heeft een door de synode verkozen afgevaardigde evenals een plaatsvervanger. Tenslotte telt de synodale raad (10 leden) ook een nationale penningmeester.
Samenstelling van de synodale raad:
| Voorzitter | Ds. dr. Guy Liagre |
| Vicevoorzitters | Dr. Han Rooze (Antwerpen-Brabant-Limburg) |
| Mevr. Lucienne Hooghuys-Gielis (Henegouwen-West) | |
| Penningmeester | Ernst Vercruysse (Antwerpen-Brabant-Limburg) |
| Leden | Mevr. Gaby Labeur (Oost-West Vlaanderen) |
| Dhr. Erik Mink (Franstalig Brabant) | |
| Ds. Bernard-Zoltán Schümmer (Henegouwen-Namen-Luxemburg) | |
| Ds. Mark Schippers (Antwerpen-Brabant Limburg) | |
| Mevr. Evelyne Peter (Henegouwen-West) | |
|
Dhr. Simon Paradowsky (Luik) |
Franstalige versie: protestanet.be